Hướng dẫn này dành cho doanh nghiệp đang hoạt động và cần quản lý hóa đơn điện tử từ khâu đăng ký, lập hóa đơn đến xử lý sai sót. Hộ kinh doanh có quy trình riêng tại hóa đơn điện tử hộ kinh doanh; nếu doanh nghiệp đang giải thể, xem hóa đơn điện tử khi giải thể doanh nghiệp.
Nếu cần quản lý hóa đơn gắn với sổ sách và tờ khai định kỳ, xem dịch vụ kế toán thuế tại Phú Quốc.
1. Khung pháp lý áp dụng từ 01/07/2026
Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC là nền pháp lý chính cho hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử từ 01/07/2026. Vì vậy doanh nghiệp không nên tiếp tục dùng checklist cũ mà chưa đối chiếu lại.
2. Xác định đúng loại hóa đơn và cách sử dụng
Tùy đối tượng và điều kiện áp dụng, doanh nghiệp cần xác định cơ chế hóa đơn phù hợp, người được phân quyền lập hóa đơn, hệ thống phần mềm và cách gửi dữ liệu. Việc cấu hình sai từ đầu có thể kéo theo lỗi ở doanh thu, thuế GTGT và công nợ.
3. Thời điểm lập hóa đơn không giống nhau cho mọi giao dịch
Doanh nghiệp phải xét bản chất của hoạt động như bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, xây dựng, vận tải hoặc giao dịch đặc thù. Không nên dùng một quy tắc đơn giản “khách trả tiền thì mới lập hóa đơn” cho mọi trường hợp.
4. Những giao dịch dễ bị bỏ sót
- Khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu.
- Biếu, tặng, trao đổi.
- Trả thay lương bằng hàng hóa/dịch vụ.
- Một số trường hợp tiêu dùng nội bộ.
- Xuất hàng cho vay, mượn hoặc hoàn trả theo trường hợp.
- Giao dịch qua POS, OTA hoặc nền tảng nhưng kế toán chưa nhận dữ liệu kịp thời.
5. Hóa đơn sai cần xử lý theo loại sai sót
Không nên tự xóa file hoặc lập một hóa đơn mới để “đè” hóa đơn cũ. Cần xác định sai tên, mã số thuế, số lượng, đơn giá, thuế suất, thời điểm, hóa đơn trùng hay giao dịch bị điều chỉnh để chọn đúng cơ chế xử lý theo quy định hiện hành.
Nếu sai sót đã ảnh hưởng tờ khai, xem khai bổ sung hồ sơ thuế.
6. Hóa đơn phải khớp sổ kế toán
Cuối kỳ cần đối chiếu hóa đơn với doanh thu, thuế GTGT, công nợ, kho, tiền thu và hợp đồng. Nếu phần mềm hóa đơn và kế toán tách biệt, nên có bước đối chiếu dữ liệu định kỳ thay vì chờ cuối năm. Phần kiểm tra hóa đơn khi lập tờ khai xem tại kê khai thuế GTGT doanh nghiệp năm 2026.
Checklist kiểm soát hóa đơn
- Phân quyền người lập hóa đơn.
- Khóa thời điểm lập theo nghiệp vụ.
- Kiểm tra thông tin người mua.
- Kiểm tra thuế suất.
- Đối chiếu giao hàng/nghiệm thu.
- Thiết lập quy trình xử lý sai.
- Đồng bộ với kế toán và tờ khai GTGT.
- Lưu dữ liệu điện tử có thể truy xuất.
Căn cứ cập nhật
- Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15.
- Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
- Thông tư 91/2026/TT-BTC.
